وتضم كنيسة شهداء الأرمن رفات بعض من قضوا من الأرمن عقب ما تعرضوا له من مجازر وتهجير 1915، حيث أصبحت ديرالزور الوجهة النهائية لكثير منهم. وتم إنشاء نصب تذكاري تخليداً لذكرى ضحايا الأرمن صممه "ساركيس بالمانوكيان" وأفتتح رسميا سنة 1990 بحضور كاثوليكوس عموم الأرمن لبيت كيليكيا، ويشم النصب العديد من بقايا وعظام شهداء الأرمن أضافة الى عدد من الأعمال الفنية التي أبدعها بعض الفنانين الأرمن تخليداً لذكرى المجازر التي عاشها أجدادهم.
وتعد مدينة دير الزور مقراً للبعثة الدبلوماسية الأرمنية الثالثة في سوريا وتوجد فيها القنصلية الفخرية لجمهورية أرمينيا والتي افتتحت في الـ11 من فبراير/شباط 2010 بحضور شعبي كبير.
وقد قام الرئيس الأرمني سيرج ساركيسيان بزيارة المدينة في اليوم الثالث من زيارته الرسمية إلى سوريا في مارس/آذار 2010، حيث زار كنيسة ومقام شهداء الأرمن، وقد تم وضع حجر الأساس لهذه الكنيسة م 1985، ودُشِّنت عام 1991 بحضور قداسة الكوليكوس كاركين الثاني. هذا ولم يبق الكثير من التحف الفنية بالكنيسة اليوم، فبعد تعرضها للقصف وأيدي العابثين اختفت الكثير من القطع القيمة التي كانت الكنيسة تضمها.
وقد لقي تدمير الكنيسة تنديداً واسعاً محلياً وسط الناشطين الديرين بشكل خاص والسوريين بشكل عام كما لقي التفجير إدانه عالميا وبخاصة من قبل المسئولين الأرمن حيث دان نائب رئيس البرلمان الارميني والمتحدث باسم الحزب الجمهوري الحاكم ادوارد شارمازانوف بشدة تفجير الكنيسة الارمينية مؤكدا" ان هذه الجريمة الإرهابية تهدف إلى القضاء على القيم الروحية الارمينية والمسيحية" كما أصدر وزير خارجية أرمينيا إدوارد نالبانديان بياناً يدين فيه تدمير كنيسة الشهداء الأرمن بدير الزور، حيث جاء في البيان: "ندين بشدة تفجير كنيسة الشهداء الأرمنية بدير الزور على يد الإرهابيين، وهي الكنيسة التي تضم رفاة العديد من شهداء الإبادة الأرمنية في دير الزور.
كما أصدرت عدد من الكنائس الأرمنية في سوريا والعالم بيانات تندد فيها بحادثة التفجير وترى أن ذلك جزء من مشروع تهجير واسع لمسيحيي المشرق.